Giai đoạn 1997-1998: Bà Hoàng Thị Khánh làm Chủ tịch Hội đồng quản trị, GS. TSKH Châu Diệu Ái làm Hiệu trưởng

Trường Đại học Công nghệ Dân lập Tôn Đức Thắng do Liên đoàn Lao động TP. Hồ Chí Minh (LĐLĐ Thành phố) sáng lập, với mục tiêu ban đầu là thực hiện Chương trình 17-CTr/TU của Thành ủy “Về xây dựng giai cấp công nhân ở TP. Hồ Chí Minh”. Lý do chọn loại hình trường dân lập là để phù hợp với chủ trương của Chính phủ vào thời điểm đó. Trường vinh dự mang tên Chủ tịch Tôn Đức Thắng (người sáng lập Công hội bí mật, lãnh đạo cuộc bãi công của công nhân Ba Son tháng 8/1925). Ngày 24/9/1997, Thủ tướng Chính phủ ký Quyết định số 787/TTg-QĐ thành lập Trường Đại học Công nghệ Dân lập Tôn Đức thắng.

Bà Hoàng Thị Khánh - Chủ tịch LĐLĐ Thành phố làm Chủ tịch Hội đồng sáng lập trường, cùng với các thành viên Hội đồng là một số nhà giáo có uy tín gồm: GS. TSKH Châu Diệu Ái, TS. Liễu Đình Đồng, Ông Trương Đình Quý, PGS. TS. Cao Minh Thì, TS. Phạm Hồng Kỳ và Luật sư Nguyễn Thế Kỳ.

Vốn thành lập Trường là 500 triệu đồng được LĐLĐ Thành phố cấp từ nguồn kinh phí của Công đoàn, không có vốn cá nhân. Văn phòng Nhà trường tạm thời đặt tại số CT 30 Cư xá Tam Đảo, Quận 10, TP. Hồ Chí Minh. Mặt bằng phục vụ dạy học được thuê khắp nơi trong Thành phố.

Để bảo đảm sự lãnh đạo của Thành ủy và sự chỉ đạo hiệu quả của tổ chức Công đoàn Thành phố, Ban thường vụ LĐLĐ Thành phố đã quyết định cử Chủ tịch LĐLĐ Thành phố làm Chủ tịch Hội đồng quản trị (HĐQT) của Trường.

Ngay từ đầu thành lập, LĐLĐ Thành phố đã giao cho Trường tự chủ hoàn toàn về nhân sự và tài chính, LĐLĐ Thành phố chỉ đạo hoạt động của Trường thông qua HĐQT. GS. TSKH Châu Diệu Ái là Hiệu trưởng đầu tiên.

Giai đoạn 2003-2008: Ông Nguyễn Huy Cận làm Chủ tịch HĐQT, PGS. TS. Bùi Ngọc Thọ làm Hiệu trưởng, năm 2006: TS. Lê Vinh Danh làm Hiệu trưởng

Cuối năm 2003, Ông Đặng Ngọc Tùng chuyển về Tổng LĐLĐ Việt Nam, ông Nguyễn Huy Cận được bầu Chủ tịch LĐLĐ Thành phố, Chủ tịch HĐQT. Năm 2006, PGS TS. Bùi Ngọc Thọ nghỉ hưu, TS. Lê Vinh Danh làm Hiệu trưởng.

Thi hành Luật Giáo dục 2005 (số 38/2005/QH11 ngày 14/6/2005), Nghị định 75/2006/NĐ-CP ngày 02/08/2006 của Chính Phủ, Thủ tướng Chính phủ chỉ đạo chuyển đổi các trường đại học bán công sang trường tư thục, trong đó có Trường Đại học Bán công Tôn Đức Thắng. Nhận thức được sự không thuận lợi đối với mục tiêu xây dựng giai cấp công nhân nếu chuyển Trường về loại hình tư thục, TS. Đặng Ngọc Tùng (lúc này là Chủ tịch Tổng LĐLĐ Việt Nam) đã bàn bạc với LĐLĐ Thành phố và Đoàn chủ tịch Tổng Liên đoàn để xin chuyển Trường thành trường công lập, trực thuộc Tổng LĐLĐ Việt Nam. Cùng với sự ủng hộ của Thành ủy, UBND Thành phố và Bộ Giáo dục và Đào tạo, ngày 11/6/2008, Thủ tướng Chính phủ ký Quyết định số 747/TTg-QĐ chuyển Trường Đại học Bán công Tôn Đức Thắng thành Trường Đại học Tôn Đức Thắng trực thuộc Tổng LĐLĐ Việt Nam. Công văn số 3995/VPCP-KGVX ngày 18/6/2008 của Văn phòng Chính phủ gởi các bộ ngành xác định mô hình hoạt động của Trường Đại học Tôn Đức Thắng nêu rõ: Về quản lý nhà nước là trường công lập; về tài chính được áp dụng cơ chế như trường ngoài công lập; toàn bộ tài sản của Trường Đại học Tôn Đức Thắng được xem là tài sản của Tổng LĐLĐ Việt Nam; chênh lệch thu chi hàng năm chỉ để xây dựng phát triển trường, không chuyển cho bất kỳ tổ chức, cá nhân nào.

Ngày 02/04/2008, UBND Thành phố có quyết định số 1479/QĐ/UBNDTP giao cho Trường 90.725 m² đất tại phường Tân Phong, Quận 7. Số tiền đền bù giải tỏa mặt bằng khoảng 50 tỷ đồng do ngân sách Thành phố chi trả.